Separación Los rumores anteriormente citados se convirtieron en realidad y se separaron. El motivo no está demasiado claro: mal ambiente entre los miembros, haber llegado a su meta, no poder superarse a ellos mismos o el agobio producido por las interminables giras. Las opiniones se multiplicaron y las entrevistas a los miembros no arrojaban luz.

A partir de este momento, el grupo deja de componer, y la compañía discográfica decide sacar cada poco tiempo nuevos cd's de conciertos, rarezas, cajas, versiones, mezclas y todo tipo de material para los incondicionales del grupo.

En 1998 sacaron a la venta Rarezas, disco que contenía algunos temas inéditos, versiones en vivo y de estudio que nunca salieron a la luz o fueron ediciones limitadas y de difícil acceso.

En el año 2000 se lanzó un CD doble llamado Canciones 84-96, el cual contiene todos sus éxitos remezclados, remasterizados e incluso, en algunos temas, Enrique Bunbury volvió a grabar la voz.

La discográfica del grupo (EMI MUSIC) sigue explotando su imagen con la edición en 2004 de un nuevo recopilatorio compuesto por un CD más un DVD con todos sus vídeos musicales y una entrevista grabada en 1996 con la salida del doble CD en directo “Parasiempre”.

En febrero de 2005 la compañía saca a la venta una reedición digital de una caja especial con un concierto en el Palacio de los Deportes de Madrid del año 1994 durante la gira del “Espíritu del Vino”, en CD y VHS (en la nueva edición el vídeo pasa a formato DVD), que ahora viene acompañado en esta nueva edición por otro concierto emitido por TVE en 1995 en la sala madrileña “La Riviera”.

En septiembre de 2007 se reedita todos sus discos en vinilo, en edición limitada en una caja de terciopelo. En octubre de ese mismo año, la reedición en vinilo corresponde a sus singles.

Tras la disolución de Héroes del Silencio, es destacable la actividad del propio Bunbury en solitario. También Bogusflow, el proyecto que Alan Boguslavski desarrolló tras colaborar en el debut del cantante. Por otro lado, Andreu prueba suerte con el grupo Puravida, y al igual que les ocurrió a sus camaradas, el proyecto fracasó al poco tiempo de empezar. Embarcándose en el proyecto DAB de música chill-out dentro del sello Café del Mar, del cual es directivo.

Héroes del Silencio ha vendido más de seis millones de copias alrededor del mundo, pese a no cantar en inglés, idioma dominante en la música rock.